Kaksisuuntaiset kirjanpitointegraatiot (Fennoa, Netvisor, Procountor ja Fortnox) eliminoivat tarpeen siirtää tietoja manuaalisesti CSI-ohjelmiston ja kirjanpito-ohjelman välillä.

Integraatio määritetään yleensä siirtämään tiedot kerran päivässä, jotta esimerkiksi laskut ehditään lähettää asiakkaille CSI-ohjelmistosta ennen niiden siirtämistä kirjanpitoon.

Kirjanpitointegraatio toimii seuraavasti:

• Toimeksiannon tiedot (toimeksiantonumero ja aihe) siirretään dimensiona CSI-ohjelmistosta kirjanpito-ohjelmaan. 
• CSI-ohjelmistossa luodut laskut siirretään kirjanpito-ohjelmaan maksajan perustiedoin (nimi, y-tunnus, alv-numero, kotimaa, osoite).
• Kirjanpitoon siirretään aina myös luodut hyvityslaskut sekä tarvittaessa ennakkolaskut (myös perutut ennakkolaskut).
• Kirjanpito-ohjelmaan kirjatut kulut siirretään CSI-ohjelmistoon.
• Kirjanpito-ohjelmaan kirjatut suoritukset siirretään CSI-ohjelmistoon ja kohdistetaan laskuihin.

Tuotteistetut kirjanpitointegraatiot Netvisor, Procountor ja Fortnox käsittelevät kirjatut luottotappioinnit siten, että niiden tositelajina ohjelmistossa on “Laskun oikaisu”.